Reencontro

Ao sairem são emboscados por Shikamaru que os captura, porem Kakuzu se liberta e começa a lutar com Kakashi que também estava no local. Kakashi atravessa o coração de Kakuzu com seu Raikiri porem o ninja se levanta e revela que possui cinco corações alem de mostrar afinidade com todos os tipos de elementos. Kakuzu quase mata Kakashi que se salva quando Hidan acidentalmente mata Kakuzu, o religioso lutava com Shikamaru e ao achar que havia pegado um pouco de seu sangue havia pegado o sangue do proprio parceiro, que estava em uma capsula e foi pego quando Kakashi atravessou Kakuzu.

Ao morrer pela segunda vez Kakuzu atingiu uma segunda forma, onde ficava maior e tinha fios negros saindo por todo o corpo, ao tentar matar Kakashi, Ino e Chouji com um golpe rapido foram impedidos por Naruto e Yamato, que chegavam junto a Sai e Sakura. Kakashi mandou que Sai e Sakura se juntassem a Shikamaru que enfrentava Hidan em outro local enquanto Naruto enfrentava Kakuzu sozinho. Com seu novo jutsu o Fuuton - Rasen Shuriken, evolução do rasengan, Naruto achava que podia derrotar Kakuzu, porem na hora em que ia atingi-lo o efeito do jutsu acabou e Naruto teve de ser salvo por Kakashi e Yamato. Ino observou que Naruto não havia mudado apesar de tudo. Naruto pede que deixem lutar com Kakuzu, pois quer superar a barreira existente entre ele e Sasuke, Kakashi permite. Kakuzu muda novamente de forma para se preparar pro jutsu atingindo uma forma ainda maior e com mais fios negros. Ao enganar Kakuzu com seu Kage Bunshin no Jutsu, Naruto consegue acertar seu novo jutsu em Kakuzu o explodindo e acabando de uma vez com 2 corações e quase o último. Todos ficam impressionados com a força de Naruto e Kakashi revela que nem com o Sharingan conseguiu acompanhar o jutsu de Naruto que termina exausto apos atingir o inimigo e o derrotar. Depois Kakashi vai aonde Kakuzu caiu e este não entende como pode ser derrotados por pessoas que considerava "moleques" e então Kakashi diz que a próxima geração superara a velha e assim mata Kakuzu com o Raikiri.

Kakuzo

Quando Kakuzu ainda residia em sua vila, lhe foi dada uma missão muito importante, a de assassinar o Shodaime Hokage, Senju Hashirama. Mas Kakuzu foi derrotado pela Kekkei Genkai de Senju Hashirama, o Mokuton. Quando Kakuzu retornou para sua vila, derrotado e beirando a morte, lhe foram dados diversos castigos, foi desonrado e humilhado. Sentindo um grande ódio por seus companheiros de vila, Kakuzu foge da prisão aonde havia sido trancafiado, e aprende um Jutsu Proibido, o Kinjutsu Jiongu, com o qual incorpora os corações de suas vítimas ao seu corpo, garantindo assim a imortalidade, já que podia manter cinco corações simultanemente, e que para morrer é necessário que todos os seus corações morram.

Kakuzu não gosta de mostrar seu rosto, sempre se escondendo. Não é de falar muito, mas vive implicando com os rituais religiosos de Hidan. Confia muito no dinheiro, achando que ele é a melhor coisa que existe, indo atrás de recompensas. Por isso, cuida das finanças da Akatsuki. Sempre deu problemas para organização por seu temperamento hostil, matando sempre seus parceiros até a chegada de Hidan, que é imortal.